Posto sul colle di Poggio Baldino, a circa 500 metri dal paese, è stato costruito nel 1499 e ampiamente restaurato nel `700. In esso si trova una grande tempera su tavola datata 1483 raffigurante il Battesimo di Gesù di Guiduccio Cozzarelli; l'Incoronazione della Madonna di Guiduccio Cozzarelli ( 1486 ca.) e l' Annunciazione di Benvenuto di Giovanni (1470). All'interno del Santuario vi è venerata l'immagine della Madonna del Rifugio, protettrice della Valdichiana.
Un bellissimo trittico di Sano di Pietro fu rubato nel marzo del 1972.
Nel 1999 è terminato il restauro dell' "Ultima Cena" di Francesco Canini, olio su tela datato 1629 collocato nel refettorio del Convento. 

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